NIST SRM 8398 人类DNA 全基因组变异评估

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参考资料 8398

用于全基因组变异评估的人类 DNA

（犹他州之女/欧洲血统）

(HG-001)

此参考材料 (RM) 旨在用于验证、优化和过程评估目的。它由犹他州/欧洲血统的女性全.人类基因组样本组成，可用于评估基因组测序中变异调用的性能。一个 RM 8398 单元由一个装有人类基因组 DNA 的小瓶组成，该基因组 DNA 是从单个大生长的人类淋巴母细胞系 GM12878（标记为 HG-001）中提取的。

科里尔医学研究所（新泽西州卡姆登）。该小瓶含有大约 10 µg 基因组 DNA，DNA 位于 TE 缓冲液（10 mM TRIS，1 mM EDTA，pH 8.0）中。

该材料旨在通过获得真阳性、假阳性和假阴性的估计值来评估人类基因组测序变异检出的性能。测序应用可能包括全基因组测序、全外显子组测序和更有针对性的测序，例如基因组。这种基因组 DNA 的分析方式与实验室处理和分析提取的 DNA 的任何其他样本相同。由于 RM 是提取的 DNA，因此它对于评估 DNA 提取等分析前步骤没有用处，但它确实挑战了测序文库的制备、测序机器以及作图、比对和变异调用的生物信息学步骤。此 RM 并非旨在评估后续的生物信息学步骤，例如功能或临床解释。

NIST SRM 8398 人类DNA 全基因组变异评估

信息值：

为单核苷酸变异 (SNV)、小插入和缺失 (indel) 以及纯合参考基因型提供信息值。 v3.3.2 基准测试集涵盖了大约 91% 的 GRCh37 组件和 85% 的 GRCh38 组件（不包括组件中的间隙），使用方法参考 1 中描述的信息值。信息值被认为是 RM 用户感兴趣和使用的值，但没有足够的信息来评估与该值相关的不确定性。我们使用当前可用的数据和方法描述和传播我们对基因型的最佳、最自信的估计。随着新数据的积累以及测量和信息学方法的出现，这些数据和基因组特征将随着时间的推移而得到维护。 HG-001 的数据可在国家生物技术信息中心 (NCBI) 序列读取档案的 BioSample SAMN03492678 下找到。信息值以变体调用文件 (vcf) 的形式给出，其中包含基准 SNV 和小插入缺失，以及一个制表符分隔的“床"文件，该文件描述了基准区域，其中任何不在基准 vcf 中的其他变体都应该是错误。信息值不能用于建立计量溯源性。

RM 8398来自人类淋巴母细胞系，用于研究用途。既然没有达成共识

提取DNA的感染状态，处理RM 8398成分作为生物安全等级1的材料

根据疾病预防控制中心(CDC)办公室的建议，传播传染病

安全，健康，环境和国家卫生研究院(NIH)[2]。

储存和使用说明

储存:RM 8398在NIST储存在-20°C，但将与冷冻包一起运输，可能不会冷冻到达。

NIST SRM 8398 人类DNA 全基因组变异评估收到后应在-20°C的黑暗处长期保存，或在4°C的黑暗处短期保存

储存(如果即将使用)。

使用:建议在将vcf与基准vcf进行比较后，只使用基准中的变量

区域被认为是真阳性、假阳性和假阴性。另外，要了解原因

假阳性和假阴性，包括基准集中潜在的错误，强烈建议使用

在假定的假阳性和假阴性的子集周围，用户使用

基因组浏览器。为性能指标和工具开发标准化定义，以比较不同的调用

全球基因组学和健康团队联盟发布了最佳实践

对于人类基因组中生殖系小变异呼叫的基准，我们强烈建议遵循[3]。

随着测序技术和分析方法的改进，这些基准呼叫和区域将更新

本调查报告将定期更新至

反映重要的新发布。当前版本包含相对于GRCh37的小变体基准集

和来自基因组参考联盟的GRCh38参考组件。来自各种技术的数据集

对于这个基因组的描述见文献4。

源制备(1)

科里韦尔医学研究所(Camden, NJ)在多个阶段对其细胞系GM12878进行了大量生长，

提取大约83毫克的DNA，然后混合DNA，和DNA一起放入小瓶

大致相等地分成小瓶。具体来说，细胞池被分成三个单独的DNA体积

提取后，将提取的DNA重新混合，在4℃下轻轻混合48 h以上，再取料

自动分配到10 μg DNA的小瓶中。

注:该RM是分离的DNA而不是活细胞，因为细胞不太稳定，可以随每个细胞发生突变

因此活细胞的序列可能不会随着时间的推移而稳定。从大量细胞中提取DNA

有助于确保所有小瓶含有基本相同的DNA序列。DNA现在可以从这个地方找到

但其DNA序列可能含有微小的差异

不同批次的细胞发生不同的突变。

稳定性:通过脉冲场凝胶测量DNA的大小分布来评估稳定性

电泳(但是脉冲场凝胶电泳的出现)。使用PFGE，在4℃保存8个样品后，未检测到尺寸分布的变化

在37℃保存8周后，其大小分布明显下降。此外，没有变化

经过5次冻融循环、大力移液或涡旋后检测。然而，因为我们只测量尺寸